هیستوپاتولوژی (یا هیستولوژی) شامل بررسی نمونه های کامل بافت زیر میکروسکوپ است. معمولاً سه نوع نمونه اصلی توسط آزمایشگاه پاتولوژی دریافت و بررسی می شود.
نمونه های دریافت شده توسط آزمایشگاه پاتولوژی به آماده سازی بافت نیاز دارند، سپس با استفاده از تکنیک های متناسب با نوع بافت و تحقیقات لازم، تحت بررسی و تجزیه و تحلیل قرار می گیرند.
نمونه های بزرگتر شامل کل اندام یا قسمت هایی از آن است که در طی عمل جراحی برداشته می شوند.
به عنوان مثال می توان به رحم خارج شده پس از جراحی، روده بزرگ پس از عمل جراحی و برداشتن لوزه ها اشاره کرد.
در روش دیگر تکه هایی از بافت به جای کل اعضای بدن از طریق بیوپسی برداشته می شوند، که اغلب به جراحی کوچکتری نیاز دارد .
در جریان نمونه برداری یا بیوپسی، قسمتی از بافت با چاقوی جراحی برداشته می شود (به عنوان مثال برداشتن پوست برای خال مشکوک).
اما در بیوپسی هسته ای، یک سوزن به یک توده مشکوک وارد می شود تا هسته بافت برداشته و در زیر میکروسکوپ بررسی گردد (به عنوان مثال برای بررسی یک توده سینه).
بافت های مایع (بیوپسی مایع) و بسیار کوچک (سلول های منفرد به جای گروه سلول‌ها، مثلاً درون مایعات از اطراف ریه) از طریق آسپیراسیون سوزنی ظریف (FNA) بدست می آیند.
این کار با استفاده از یک سوزن نازک تر از آنچه در بیوپسی هسته استفاده می شود، انجام می شود. این نوع مواد معمولاً مایع هستند تا جامد، و به جای بافت شناسی برای سیتولوژی ارسال می شوند.
نمونه های دریافت شده توسط آزمایشگاه پاتولوژی به آماده سازی اولیه بافت نیاز دارند، به همیل دلیل با استفاده از تکنیک‌های متناسب با نوع بافت و بررسی‌های لازم، تحت درمان و تجزیه و تحلیل قرار می گیرند.
هنگامی که این اندام ها / بافت ها / مایعات توسط آزمایشگاه پاتولوژی دریافت می شوند، ابتدا در فرمالین قرار می گیرند تا از زوال آنها جلوگیری شود (اصطلاحاً تثبیت می شود).
برای تشخیص فوری در طی یک روش جراحی، که ممکن است بر نوع جراحی انجام شده تأثیر بگذارد، یک انجماد انجام می شود.
سپس نمونه باید توسط یک پاتولوژیست تشریحی بررسی شوند. پاتولوژیست باید هرگونه ناهنجاری در بافت را توصیف کند.
به همین دلیل با دقت نمونه را کالبد شکافی می کند تا مناطقی از نمونه را که در نهایت بر روی اسلایدهای شیشه ای قرار می گیرند را برای بررسی میکروسکوپی انتخاب کند.
در هیستوپاتولوژی به بررسی بافت پاتولوژی ماکروسکوپی می‌گویند.
پاتولوژیست مناطق مورد نظر در داخل بافت ها را به قطعات کوچک، شماره گذاری و برچسب می زند و طی یک سری روش ها آنها را جاگذاری تا در نهایت با یک اسلاید آماده شده به پایان برسند.
فرآیندهای هیستوپاتولوژی ممکن است یک تا دو روز طول بکشد.