در هنگام مطالعه بافت زیر میکروسکوپ، ضخامت بافت مورد نظر باید به اندازه ای باشد (در حد میکرون) که نور از آن عبور کند تا بتوان آن را با میکروسکوپ مطالعه و بررسی کرد در غیر این صورت هیچ تصویری در میکروسکوپ دیده نخواهد شد. بنابراین برای مطالعه میکروسکوپی بافت ها باید آنها را با دستگاه میکروتوم به گونه ای مناسب با ضخامت بسیار پایین (در حد میکرون) برش داد تا با میکروسکوپ قابل مشاهده باشند. برش بافت بلوکه شده در پارافین توسط دستگاهی به نام میکروتوم با ضخامت های بسیار پایین 0/5 تا 10 میکرون انجام می شود. به همین دلیل است که عملیات برش گیری حساس تر از مراحل قبلی بوده و باید به آرامی و با دقت و صبر و حوصله بسیار انجام شود.
تیز بودن تیغ میکروتوم ارتباط کاملاً مستقیم با کیفیت برش ها دارد. در مطالعات میکروسکوپی، برش ها نباید دارای خراش های طولی و یا عدم یکنواختی به صورت عرضی باشند و درضمن باید ضخامت مناسب نیز داشته باشند. تیغ میکروتوم دائمی باید به صورت دوره ای توسط دستگاه تیغ تیز کن به صورت صحیح و یکنواخت تیز شوند. نباید لبه تیغ میکروتوم در زیر میکروسکوپ دارای نقص و ایراد قابل مشاهده باشد.
در ادامه پاره ای از مشکلات معمول در حین برش گیری بافت با میکروتوم و همچنین دلایل این مشکلات ذکر شده است.
تنظیمات نادرست میکروتوم، دمیدن بازدم گرم بر روی بلوک بافت برای تسریع برش گیری، انتخاب اولین برش از مجموعه برش های نواری بافت، برش بافت با سرعت های بالا، آماده سازی ضعیف بافت، عدم کالیبراسیون میکروتوم
تصویر 1- برش بسیار نازک
تیغ میکروتوم آسیب دیده و خراب، فرایند آماده سازی ضعیف بافت، وجود مواد سخت مانند کلسیم در بلوک بافت، وجود ذرات ناخالصی در پارافین، رسوب نمک های بافری در نمونه
تصویر 2- وجود خطوط تیغ میکروتوم
پروسه آماده سازی ضعیف بافت (عدم آب گیری کامل و یا شفاف سازی و غوطه ور سازی ناکامل بافت)، استفاده از تیشو فلوت بسیار داغ، پهن کردن بی دقت بافت روی آب حمام بافت
تصویر 3- گسیخته شدن بافت
قرار گرفتن و آماده سازی بیش از حد بافت در دستگاه تیشو پروسسور، برش بلوک بافت بسیار سرد، برش بافت با سرعت زیاد، قفل نشدن مکانیسم کلمپ میکروتوم، زاویه نامناسب تیغ میکروتوم
تصویر 4- ترک های ظریف در نمونه برش خورده
تکنیک غوطه سازی ضعیف بافت، فیکس کردن ضعیف بافت، گرم بودن بلوک بافت، برش گیری بافت با ضخامت خیلی کم، تیشو فلوت بسیار گرم
تصویر 5- وجود پیچش در نمونه برش خورده
پروسه آماده سازی نادرست و نامناسب، گرم بودن بلوک بافت، برش بافت با سرعت زیاد، پایین بودن کیفیت پارافین، کند بودن تیغ میکروتوم، زیاد بودن زاویه تیغ میکروتوم
تصویر 6- فشردگی زیاد نمونه
وجود حباب در آب تیشو فلوت، تکنیک های غوطه وری نامناسب و نادرست
تصویر 7- وجود حباب زیر برش
دمای بسیار بالای آب تیشو فلوت، قرار گرفتن طولانی مدت بافت در آب، فیکس کردن ضعیف بافت (باقی ماندن حلال در بافت)
تصویر 8- پهن شدگی زیاد نمونه
استفاده از لام (اسلاید) کثیف، آلوده بودن آب تیشو فلوت، اثرات مداد برچسب گذاری
تصویر ۹- وجود آلودگی