این مرحله شامل دو نوع روش رنگ آمیزی روتین و اختصاصی است. روش روتین رنگ آمیزی عبارت است از روش هماتوکسیلین ائوزین، که با این روش هسته سلول رنگ بنفش و سیتوپلاسم رنگ صورتی به خود می گیرد. روش اختصاصی به این صورت است که هر جزء سلول رنگ خاصی به خود می گیرد که شامل رنگ آمیزی برش های انجمادی، رنگ آمیزی بافت های همبندی، رنگ آمیزی نمونه های دستگاه عصبی، رنگ آمیزی برخی مواد سیتوپلاسمیک، رنگ آمیزی برخی آنزیم ها، رنگ آمیزی بعضی میکروارگانیسم ها و رنگ آمیزی سیتولوژیک است. چند مورد از مهمترین رنگ آمیزی های اختصاصی عبارتند از:
محلول های مورد استفاده در روش رنگ آمیزی روتین هماتوکسیلین ائوزین عبارتند از: اتانول، گزیلول، رنگ هماتوکسیلین، رنگ ائوزین، اسید کلریدریک، کربنات لیتیوم، آب مقطر، اسید استیک
به رنگ هماتوکسیلین قبل از مصرف به ازای هر 100 سی سی رنگ، باید 0/5 سی سی اسید استیک اضافه شود.
قبل از رنگ آمیزی لام های برش داده شده را به مدت 15 الی 20 دقیقه در فور با دمای 120 درجه سانتیگراد قرار دهید تا کاملاً به لام بچسبد.
شستشو با آب مقطر (دمای حدود 36 درجه سانتیگراد)
شستشو با آب مقطر
شستشو با آب مقطر
تصویر 1- نمونه ای از بافت کلیه رنگ آمیزی شده توسط روش رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین
به وسیله روش رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین می توان هسته سلول ها که به رنگ آبی درآمده اند، مورفولوژی و مکان آن ها را به خوبی نمایش داد.
تصویر 2- آشکار سازی هسته سلول ها و مکان و مورفولوژی سلول ها با استفاده از روش رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین
هم چنین می توان تراکم سلول ها در ناحیه ای خاص و سلول های تقسیم یافته را نیز به وسیله رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین به خوبی زیر میکروسکوپ مشاهده نمود.
تصویر 3- تشخیص سلول های تقسیم یافته و تراکم سلول ها با استفاده از روش رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین
با این روش می توان اندازه سلول ها و سایر ساختارهای سلول را نیز بدست آورد به این صورت که چون همه بافت ها دارای رگ های خونی هستند با مقایسه اندازه سلول ها با سلول های گلبول قرمز می توان تخمینی از اندازه سلول ها ارائه نمود.
تصویر 4- تخمین اندازه سلول ها با روش رنگ آمیزی هماتوکسیلین ائوزین